Semur-en-Auxois porte un nom qui contredit son apparence. Sinemuro, c'est du latin: sine muro, « sans mur ». Pourtant, la ville s'est construite autour d'une forteresse, puis s'est entourée d'une enceinte flanquée de tours. Le paradoxe tient à l'histoire.
Au Haut Moyen Âge, des habitats se groupent autour du méandre de l'Armançon. Au XIe siècle, Semur devient chef-lieu du comté d'Auxois, intégré au duché de Bourgogne. En 1276, elle obtient sa charte communale du duc Robert II, au moment où naît le bailliage d'Auxois. C'est l'un des six que compte le duché, et Semur en est le cœur.
Tout s'accélère au XIVe siècle. La guerre de Cent Ans menace. Le duc Philippe le Hardi décide de transformer le site. Il renforce les défenses naturelles par une enceinte de pierre et crée une place forte appelée le Donjon, placée entre le quartier du Château et le bourg qui s'est développé autour du prieuré Notre-Dame. La vie économique pulse au rythme de sept foires annuelles, du 22 janvier à novembre. La vie religieuse s'intensifie avec deux paroisses et des établissements monastiques qui ne cessent de croître.
Pendant quatre siècles, Semur reste fidèle aux ducs de Bourgogne. En 1478, Louis XI l'occupe par la force. Puis vient 1589: les ligueurs la tiennent jusqu'à ce que les royalistes, menés par Guillaume de Saulx, mettent le siège. La ville se rend. En 1602, Henri IV ordonne le démantèlement des fortifications. Semur perd sa vocation défensive pour devenir capitale administrative du bailliage.