Port-Louis doit son nom à un roi de France et son existence à une guerre civile. Au début du dix-septième siècle, le site s'appelait Blavet, du nom du fleuve qui le borde. C'était un port stratégique que le duc de Mercœur, gouverneur de Bretagne, voulait contrôler pendant les guerres de la Ligue. En 1589, les habitants de Blavet avaient d'abord promis obéissance au duc, puis aussitôt après changé d'avis pour soutenir Henri de Navarre. Mercœur n'a pas accepté cette trahison. Le 11 juin 1590, ses troupes et celles des frères d'Arradon ont pris la ville d'assaut. Le siège fut brutal: selon les récits de l'époque, presque tous les habitants qui s'étaient battus ont été tués.
Après cette violence, le port a été reconstruit, et en 1618, le roi Louis XIII l'a rebaptisé Port-Louis par lettres patentes. Ce nouveau nom marquait la suzeraineté royale sur un site qui avait été longtemps forteresse espagnole. La citadelle que le roi fit édifier devint le cœur de la ville et reste aujourd'hui son attrait principal. Elle incarne ce basculement: d'un port disputé aux mains de factions, à un port fermement aux mains du roi de France. Les habitants de Port-Louis sont d'ailleurs surnommés les Tudchentil, ce qui signifie les gentilshommes, les bourgeois, un surnom qui a traversé les siècles.
Le musée de la Compagnie des Indes occupe la citadelle de Port-Louis, face à la rade de Lorient. C'est un musée né d'une ruine.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, les bombardements ont détruit le musée des beaux-arts de Lorient, fondé en 1879. Il n'a jamais rouvert. Après la guerre, la ville a choisi de se tourner vers ce qui l'avait faite prospère autrefois: le commerce maritime aux XVIIe et XVIIIe siècles. En 1966, pour son tricentenaire, Lorient organisa l'exposition Lorient et la Mer. Le succès fut tel qu'un comité de personnalités décida de transformer cette exposition temporaire en musée permanent. André Garrigues, conservateur de la bibliothèque et membre fondateur du comité, prit en charge la création du musée consacré aux compagnies des Indes et à l'histoire de la ville. En 1984, les premières salles ouvrirent dans la citadelle. L'inauguration officielle suivit en 1985.
Le musée raconte d'abord les routes anciennes du commerce: les Routes de la soie, puis la Route des Indes à partir du XVIe siècle. Ses collections proviennent de dépôts de musées nationaux, du Louvre au château de Versailles, et des objets de l'exposition de 1966. Elles évoquent le commerce européen maritime aux XVIIe et XVIIIe siècles, quand les compagnies des Indes faisaient la richesse des ports atlantiques. C'est le seul musée en France consacré à ces compagnies.