Neuilly-en-Donjon porte en lui le souvenir d'une catastrophe. Avant le VIIIe siècle, il y avait là une véritable ville, Avrilly, prospère grâce aux voies romaines et à la Loire. Puis les Vikings ont remonté le fleuve. Ils ont détruit les ports et les villes sur leur passage, dont Avrilly et son port de Bonnand. Les survivants se sont enfuis dans les forêts alentour et ont fondé Neuilly en Donjon, loin de l'eau et des raids.
Cette fuite a laissé une trace durable. Quelques siècles plus tard, quand les habitants ont voulu se donner une église, ils ont fait venir des constructeurs de la rive droite de la Loire. C'est pourquoi l'édifice roman qu'on peut voir aujourd'hui porte des éléments qui rappellent les églises d'Autun et de Semur: un portail finement taillé et sculpté, héritage de cette influence bourguignonne venue de loin.
Sous terre, les archéologues ont retrouvé des traces bien plus anciennes. Au XIXe siècle, on a découvert des statuettes de bronze représentant Cérès, Mars et Hercule, ainsi que des culots et des résidus de fonderie. Il y avait là, autrefois, un atelier gallo-romain où l'on coulait le bronze.
Plus tard, au Moyen Âge, des mottes fortifiées parsemaient le territoire, des maisons fortes à peine visibles aujourd'hui. L'une d'elles, la butte Jollard, aurait peut-être reposé sur les ruines d'un ancien camp romain. Neuilly s'était reconstruite, pierre après pierre, sur les couches de son propre passé.