Nantua porte un nom qui raconte sa géographie. Ce nom vient du gaulois nanto, qui signifie vallée profonde ou ravin. Les habitants du Moyen Âge appelaient leur bourg le domaine du val, et c'est exactement ce qu'il est: une ville née dans une vallée encaissée, serrée entre les pentes.
Elle s'est formée autour d'un monastère de bénédictins fondé en 671 par saint Amand. L'abbaye qui s'éleva au VIIIe siècle attira moines et pèlerins, mais elle subit les raids des Hongrois. Au Xe siècle, elle fut annexée à Cluny, puis réduite au rang de simple prieuré au XIIe siècle. De ce passé monastique, l'église subsiste encore, celle-là même par laquelle aurait transité le corps de Charles II le Chauve.
Pendant près de mille ans, Nantua garda le rythme tranquille d'une petite ville de province. C'est la Seconde Guerre mondiale qui l'arracha à l'oubli. La région devint un foyer de résistance active contre l'occupant nazi. Les Allemands répliquèrent par des rafles brutales. Le 14 décembre 1943, ils capturèrent 150 hommes âgés entre 18 et 40 ans et les déportèrent. Libérée en septembre 1944 par ses propres résistants et les troupes venues de Provence, la ville reçut en 1947 la médaille de la Résistance française des mains du Général de Gaulle, ainsi que la croix de guerre 1939-1945. Sur les rives du lac, un monument aux déportés et un musée de la Résistance perpétuent cette mémoire.