Milly-la-Forêt porte un nom qui a changé d'habit en 1948. Avant, c'était Milly-en-Gâtinais. Le conseil municipal a demandé au gouvernement de rebaptiser le lieu, estimant que « Milly-la-Forêt » sonnait plus touristique et permettrait de le distinguer d'un homonyme en Normandie. Le nom était devenu son affaire.
Mais ce nom cache une bien plus ancienne histoire. Milly a porté plusieurs visages avant celui-ci. En gaulois, le domaine s'appelait Maurillac. Une pièce de monnaie mérovingienne le nomme Mauriliaco. Puis vinrent Maureliacum, Melliacum vers 667. Le toponyme Milly lui-même n'arriva que tardivement, importé en 1080 par un chevalier du nom d'Adam, originaire de Milly-en-Beauvaisis, qui devint premier seigneur du lieu.
Avant même Adam, le site existait déjà. Selon l'histoire locale, un village gaulois s'y était établi en 285 avant Jésus-Christ, fondé comme centre d'initiation druidique. Un menhir subsiste, la Pierre Droite, qui en témoigne. Quand les Romains arrivèrent, ils reconnaissaient l'importance du carrefour. Une voie romaine traversait le bourg, toujours tracée aujourd'hui par le chemin de Grimery. Des médailles romaines retrouvées en 1825 et une pièce à l'effigie de Faustin marquent le passage. En 52 avant Jésus-Christ, un camp romain s'installa à l'ouest de la rivière.
Milly-la-Forêt s'est donc construit sur des couches d'occupation: druidique, romaine, puis féodale. Le nom qu'on lui donne aujourd'hui n'est que le dernier vernis d'une bien plus longue mémoire.