La Ferté-Saint-Aubin porte un nom qui raconte une histoire de fortification. Ferté vient d'un vieux mot latin signifiant « fermeté » et s'emploie en toponymie pour désigner un lieu fortifié. À l'origine, deux paroisses voisines existaient ici: la Ferté au nord et Saint-Aubin au sud. Après la Révolution française, elles ont fusionné leurs noms pour former la commune que nous connaissons. Avant cela, le territoire avait porté successivement les noms de ses seigneurs: La Ferté-Nabert, La Ferté-Saint-Nectaire, La Ferté-Senneterre, La Ferté-Lowendal, et même La Ferté-Cosson pendant la Révolution.
Un événement dramatique a marqué ce lieu en 1939. Entre janvier et février, plus de 2 800 réfugiés espagnols fuyant l'effondrement de la République espagnole devant les troupes de Franco sont arrivés dans le Loiret. Orléans ne pouvait pas les accueillir. Quarante-six centres ruraux d'accueil ont alors été ouverts à travers le département. La Ferté-Saint-Aubin en a reçu un. La plupart de ces réfugiés étaient des femmes et des enfants. Ils ont subi une quarantaine stricte, ont été vaccinés, et le courrier leur était limité. Mais le ravitaillement, bien que peu varié et cuisiné à la française, était assuré. Certains ont fini par rentrer en Espagne. Les autres ont été regroupés au camp de la verrerie des Aydes, à Fleury-les-Aubrais.