Honfleur porte un nom qui a traversé les siècles sans vraiment changer de forme, mais en changeant complètement de sens. Au XIe siècle, on l'écrivait Hunefleth, un terme anglo-saxon où « fleth » désignait un estuaire, un bras de mer. Cet élément survit dans des noms anglais comme Fleet ou Adlingfleet. L'autre partie du nom, Hon, viendrait d'un ancien propriétaire anglo-saxon nommé Huna. Mais au fil des siècles, la terminaison s'est transformée, confondue avec le mot « fleur », et voilà comment un estuaire du Xe siècle s'est retrouvé rebaptisé en fleur du XVe siècle, sans que personne n'y trouve à redire.
Ce qui reste intact, c'est le port lui-même. Dès le XIIe siècle, Honfleur était un carrefour où transitaient les marchandises de Rouen vers l'Angleterre. Pendant la guerre de Cent Ans, Charles V en fit une forteresse pour verrouiller la Seine aux Anglais. La ville a été prise et reprise, occupée trente et une ans d'affilée. Mais elle a survécu, et ce qui en demeure visible, c'est la Lieutenance, ancienne porte de Caen du XVIe siècle, flanquée de deux tours rondes: le seul vestige de ces fortifications.
Après la guerre, Honfleur s'est lancée dans les grandes expéditions. C'est d'ici que Jehan Denis s'embarqua pour le Labrador en 1506, et que Samuel de Champlain partit fonder Québec en 1608. Le port devint l'un des cinq grands ports négriers de France, avec plus de 140 expéditions. Entre 1664 et 1725, on agrandit le bassin intérieur en démolissant les anciennes murailles devenues inutiles. Ce bassin, le Vieux Bassin d'aujourd'hui, c'est cette transformation qui l'a créé, avec ses maisons aux façades d'ardoise qui en font la réputation actuelle.