Flavigny-sur-Ozerain porte un nom dont l'origine remonte à un vétéran romain. Après la défaite de Vercingétorix face à César en 52 avant J-C, le général Flavinius, compagnon de Jules César, reçut en don une partie de cette colline. C'est là qu'émergea peu après la cité de Flavianiacum.
Mais ce qui a vraiment donné forme au village, c'est l'abbaye bénédictine fondée en 719 par Wideradus, fils du chef burgonde Corbon. Les moines y vivaient selon la règle de saint Benoît, partageant leur temps entre la prière, le travail manuel et l'étude. L'abbaye prospéra suffisamment pour que, dès le XIIe siècle, Flavigny devienne possession de l'évêché d'Autun. En 1198, le roi Philippe Auguste la donna aux ducs de Bourgogne, qui en firent un enjeu de pouvoir.
Quatre siècles plus tard, en 1590, Henri IV y établit un Parlement rival de celui de Dijon, accueillant les parlementaires qui lui restaient fidèles. Le bourg devint ainsi un refuge politique en pleine tourmente.
Aujourd'hui, Flavigny s'est construit une autre réputation. Le village est labellisé parmi Les Plus Beaux Villages de France, et porte le titre de « Site remarquable du goût » pour être le lieu exclusif de fabrication des Anis de Flavigny. Cette confiserie sucrée, fabriquée sur place, est devenue son identité contemporaine, tandis que les pierres de l'abbaye gardent mémoire de ses siècles monastiques.